El manual de referencia on line contiene información respecto a la
configuración del TinyMCE.
¿Lo has consultado detalladamente?
entity_encoding
Más allá de eso, me gustaría que captures y postees un ejemplo de cómo queda un texto mayor a una palabra, recuperado de TinyMCE, para estar seguro de qué es lo que hay que hacer, aunque en principio yo supondría que las funciones de PHP deberían poder controlar tu problema.