Aunque se parecen mucho no son exactamente lo mismo, empezando porque lo de las tres capas es un tipo de arquitectura de software y el MVC un patrón de diseño.
Se parecen tanto pq MVC parte del modelo de 3 capas, aunque añade ciertas diferencias.
Te recomiendo leer esta presentación para que te hagas una idea:
http://jorge.queideas.com/wp-content...ectura-MVC.pdf