Me ha gustado eso de "aplastar el botón". Quizás si lo aprietas con delicadeza...
Bueno, bromas aparte, es difícil ayudarte sin ver el código, pero si te funciona con todo dentro de la misma clase pero no te funciona en clases distintas, lo más probable es que tengas sin querer varias instancias de las mismas cosas (del JTable, del modelo, de la misma claseY ...), es decir, que inadvertidamente hagas varios news de esas "cosas" que deberían ser únicas y estés visualizando una mientras que borras la fila de otra que no se visible.
Se bueno.