No se si manejas la sentencia DELETE FROM TABLA (aquí puedes probar borrando 50 tablas a la vez desde el modo de diseño con sólo arrastrar las tablas y luego clic en el botón Ejecutar) (esto se llama Consulta de Eliminacion)
pero otra opción s copiar cada tabla y pegar solamente la Extructura.
Luego elimina todas las tablas anteriores y te quedarás con las vacías.
