Separa los decimales usando explode() y aplicas estilo:
Código PHP:
Ver original$importe = '11,35';
// Esto te creará un array donde
// elemento 0 es 11
// elemento 1 es 35
echo "{$separa[0]},<sup>{$separa[1]}</sup>}";
Si quieres, en vez de <sup /> puedes usar <span /> aplicando estilos como mejor te parezca, pero es tema de CSS.