Ok, gracias, es un bug de Illustrator que me ha hecho perder trabajos (bueno, recuperados con Time Machine)
Por aquí hablan de ello:
http://forums.adobe.com/message/5020609
Tenemos que llevar mucho cuidado porque a veces abro un archivo -> selecciono todo -> edición-cortar -> cerrar (y aquí es cuando no quiero guardar pero no sale el mensaje, guarda directamente el documento en blanco)