Archivos protegidos pdf con java

[Xerelo]

Con servir me refiero a dar acceso al fichero, y eso no debería ser cosa del sistema operativo.

No te acabo de entender ¿quieres que el programa los abra o que el programa descargue/genere el PDF? Hablas de librerías para manipular PDF, pero salvo que quieras modificar el contenido de uno que ya está hecho (y no lo generes tú), no hay necesidad.

Si quieres que se generen, y dices que hay un botón, con deshabilitar el botón en función del usuario ya está.

Si los PDF existen, y están guardados en la misma máquina, cualquier usuario puede ver los ficheros si tiene acceso con el explorador. Una forma de evitarlo es guardar los pdf en una base de datos, de esa forma restringes el acceso.

Si no están en la misma máquina, el usuario sólo tiene acceso si tú se lo das.

No entiendo el problema, para ver los PDF necesitas hacer código, para no verlos con no hacer nada o deshabilitar lo hecho ya está.