Lo siento, no había leído con mucho detalle el primer post. Si quieres ver la estructura de directorios del servidor a través de ftp, tendrás que usar alguna librería java que te permita el acceso ftp. No lo he probado nunca, pero aquí tienes algo que parece claro
http://www.compujuy.com.ar/postx.php?id=54
Se bueno.