Si la librería es PSR-0 compliant no hay que hacer nada especial basta con
configurar correctamente el autoloader, para el resto de casos depende un poco de la librería pero en definitiva se trata de que autoloader sepa donde buscar y en el peor de los casos hacer el include a mano, si muestras las cabeceras de tus clases talves te podamos sugerir alguna estrategia.
Saludos.