llaves primarias y foreaneas

[jurena]

Esas tablas no están bien normalizadas (fíjate que guardas el valor de la factura en dos lugares, en la tabla factura y en la tabla esa de totales), pero si te empeñas en tenerlo así...
yo recurriría a programación: tras insertar una nueva factura para un contrato, luego busco el último registro de ese contrato en totales (importante un campo de fecha, un timestamp current_timestamp, aunque también podrías usar un int auto_increment si lo usas como primary key), guardo en memoria el valor del contrato en el registro de la última factura almacenada, e inserto otro nuevo registro para ese contrato, con el número de la nueva factura y en valor de contrato le resto el valor de la nueva factura. Primero tendrás que insertar en factura, no lo olvides.