Como reemplazar varias partes de una cadena en PHP

[cristhmz6]

Gracias por responder ;)

Efectivamente así me sirve, pero no doy con como solucionar mi inconveniente, lo comento...

Cada X días me pasan un documento con unos datos como el siguiente:

______________________________________________
06000000000000000000000000000000000000000 100003777 00000 1890000 00010 100006500006505145680000002
06000000000000000000000000000000000000000 100000480 00000 3022786 00010 100007600007605147320000003
06000000000000000000000000000000000000000 100000068 00000 2267089 00010 100008900008905100180000004
______________________________________________

cada línea consta de 94 caracteres, distribuidos en un número de grupos fijos:

Grupo 1: 41 caracteres
Grupo 2: 9 caracteres
Grupo 3: 5 caracteres
Grupo 4: 7 caracteres
Grupo 5: 5 caracteres
Grupo 6: 13 caracteres
Grupo 7: 14 caracteres

que al hacer un proceso me tiene que quedar como resultado:
Grupo 2 Grupo 4 Grupo 6
______________________________________________
100003777 1890000 1000065000065
100000480 3022786 1000076000076
100000068 2267089 1000089000089
______________________________________________

La idea es quitar los números que estan en negrilla, el problema es que al querer reemplazar "00000" (5 ceros [Grupo 3]) me los quita también donde se encuentran los 5 ceros, ej Fila1...Grupo4+Grupo5(1 cero)=5 ceros que me reemplaza y no debería ser así.

He intentado con el Substr y el strlen pero no me sale, no se como acomodarlo...

Agradezco la ayuda ;)