que es mejor innoDB MyISAM

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Lo que mas tienes que tener en cuenta es que InnoDB acepta claves foraneas y MyISAM no, y que si la tabla en cuestion recibe mas selects que inserts o updates deberias usar MyISAM que es mucho mas rapida pero si es al contrario, que recibe mas inserts o updates que selects deberias usar InnoDB que soporta sin problemas un fuerte nivel de transacciones de este tipo.
De todas formas dudas tan simples como esta primero se googlean que hay mucha informacion en internet de esto