En primer lugar tu regla no está bien, debe ser
Código Apache:
Ver originalRewriteRule ^([a-zA-Z0-9_-]+)/$ index.php?menu=$1 [L]
Ahora, la primera parte de la regla es un expresión, cualquier cosa que pongas pasa como parámetro, ejemplo, articulo, loquesea...
Lo que necesitás es indicar que la regla no se cumpla si es un a carpeta ú archivo existente. por lo que debería ser
Código Apache:
Ver original# si no es un directorio real existente
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-d
# si no es un archivo real existente
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-f
# ejecutamos
RewriteRule ^([a-zA-Z0-9_-]+)/$ index.php?menu=$1 [L]
Ejemplo
http://mr1.emprear.com
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