La mejor opción es utilizar Analytics. Con una única cuenta (no utilices dos) simplemente crea 2 perfiles, uno para el dominio principal (excluyendo el subdominio) y otro para el subdominio (incluyendo únicamente el tráfico del subdominio).
No obstante, siempre es recomendable tener un tercer perfil con todo el tráfico sin filtrar (por si acaso).
Aquí te dejo más información sobre
cómo trabajar con subdominios en Google Analytics y
cómo utilizar los filtros en Google Analytics.