Cita:
Iniciado por GatorV 
Sería interesante ver como haces el registro, ahora recuerda filtrar bien tus variables, es probable que tengas algún espacio o algo similar (aplicar trim()) ayuda.
Saludos.
este es una parte del codigo para registrar
Código PHP:
$cedula=$_POST['cedula'];
$nacionalidad=$_POST['nacionalidad'];
$nombre=$_POST['nombre'];
$contrasena=md5($_POST['contrasena']);
$r_contrasena=$_POST['r_contrasena'];
$correo=$_POST['correo'];
$sexo=$_POST['sexo'];
$f_nacimiento=$_POST['f_nacimiento'];
//echo "<br>";
$sql="insert into usuarios (cedula,nacionalidad,nombre,contrasena,r_contrasena,correo,sexo,f_nacimiento,nivel) values
('$cedula','$nacionalidad','$nombre','$contrasena','$r_contrasena','$correo','$sexo','$f_nacimiento','estudiante')";
aqui si guarda la contraseña con md5, el problema resulta en comparar la contraseña cuando se hace login.