Yo uso tambien STS, y no me da problemas.
Prueba de ponerlo así: (por probar, porque no lo entiendo)
Código XML:
Ver original<property name="packagesToScan">
<list>
<value>com.paquete.tables</value>
</list>
</property>
Edito: Yo uso Hibernate4, tú el 3. Es solo una apreciación.
Saludos