solamente deja tu flash con fondo de color blanco, en caso de que uses Dreamweaver importa tu swf a tu html ya que lo importaste selecciona tu swf y dale clic en propiedades y ahí trae una opción que dice "Wmode" y ahi dice "opaco" o "ventana" no recuerdo pero también trae la opción de Transparente selecciónala y ya =D
o selecciona el swf y en el código busca esto
<param name="wmode" value="transparent" />
y déjalo así saludos =D