Claro que es posible, lo que tienes que hacer es colocar dentro del document las sentencias que crean los frames.
Código PHP:
ventana=window. open('dummyPg.htm','ventana');
with (ventana.document){
open();
write('<html>');
write('<head>');
write('</head>');
write('<frameset rows="300,*">');
write('<frame src="uno.htm">');
write('<frame src="dos.htm">');
write('</frameset>');
write('</html>');
close();
}
Saludos.