Normalmente cuando existen dos enlaces en la misma página y dirigidas hacia la misma, lo contabiliza como si fuera un enlace sólo.
Por otra parte, entiendo que lo que tienes en el footer es una especie de menú, ¿no?
El nofollow te serviría si los enlaces a los que apuntas son externos, pero estamos hablando que son internos (de tu propia página), aunque en determinados casos también se pueden utilizar llegados al caso.
No obstante, ¿por qué los tienes en el footer y no en otro sitio más visible y agradecido para el usuario?