Bueno, yo mismo pregunto yo mismo me respondo XD.
para el htaccess que esta en la subcarpeta hice esto:
Código HTACCESS:
Ver originalOptions FollowSymLinks
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteBase /sff-admin
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php?/$1 [L]
</IfModule>
<IfModule !mod_rewrite.c>
ErrorDocument 404 /index.php
</IfModule>
y funciono!!!
Espero esto pueda ayudar otros con el mismo problema.
Salu2.