Depurar consulta time out - Error loading module MySQL server...

[gnzsoloyo]

Por empezar, ordenemos esa consulta como para que sea entendible:

Código MySQL:

SELECT 
    m.id, 
    m.title, 
    m.module, 
    m.position, 
    m.content, 
    m.showtitle, 
    m.params, 
    mm.menuid 
FROM
    qq3v9_modules AS m 
    LEFT JOIN qq3v9_modules_menu AS mm ON mm.moduleid = m.id 
    LEFT JOIN qq3v9_extensions AS e ON e.element = m.module AND e.client_id = m.client_id 
WHERE 
    m.published = 1 
    AND e.enabled = 1 
    AND (m.publish_up = '0000-00-00 00:00:00' OR m.publish_up <= '2013-01-30 16:30:16') 
    AND (m.publish_down = '0000-00-00 00:00:00' OR m.publish_down >= '2013-01-30 16:30:16') 
    AND m.access IN (1,1) 
    AND m.client_id = 0 
    AND (mm.menuid = 0 OR mm.menuid <= 0) 
    AND m.language IN ('en-GB','*') 
ORDER BY m.position, m.ordering
 

Ahora podemos ver que es una consulta que tiene el potencial de generar un producto cartesiano, ya que hace un fullscan por cada tabla para poder realizar esas comparaciones, y si las mismas son demasiado grandes el resultado es.. calamitoso.
Es uno de los problemas de el LEFT JOIN, pero también de operaciones de tipo "<=". Cualquier condición con operadores que impliquen inecuaciones genera un fullscan.
A esto hay que sumarle, por lo menos, que ORDER BY es una de las cláusulas que más asesina la performance, en especial cuando la respuesta de la consulta ya es un producto cartesiano.

Creo que deberás optimizar eso.