Poder, se puede, pero salvo que quieras empezar una base de datos desde cero y ni siquiera en ese caso es necesario.
Mira la FAQ de MySQL, el #22 permalink y verás las razones.
http://www.forosdelweb.com/f86/faqs-mysql-489891/
Si estabas haciendo pruebas y ahora quieres empezar desde cero, cero
ALTER TABLE nombre_tabla AUTO_INCREMENT= 1
pero como te digo no es necesario para nada. Si lo que buscas es poder numerar luego la salida de tus datos, eso puedes hacerlo con una consulta (en las FAQ la tienes) o con programación.