Problema con un select

[leo_acn]

Lo que te ocurre es culpa del OR en el where, esta funcionando como un separador:
Condicion OR Condicion por ende los que te muestran un isr igual a 0 tienen una fecha de inicio planilla <= '2012-12-15'

Para solucionarlo simplemente pon un paréntesis en el where de esta forma:
WHERE EMPL.isr > 0 AND EMPL.num_empresa = 5
AND (EMPL.fecha_inicio_planilla >= '2012-01-01' OR EMPL.fecha_inicio_planilla <= '2012-12-15')

No lo he probado pero si eso no funciona entonces simplemente repite la primera condicion despues del OR asi:
WHERE EMPL.isr > 0 AND EMPL.num_empresa = 5
AND EMPL.fecha_inicio_planilla >= '2012-01-01' OR EMPL.isr > 0 AND EMPL.num_empresa = 5 AND
EMPL.fecha_inicio_planilla <= '2012-12-15'

yy listo, espero te funcione, sino avisas ;)
Saludos