Algunas buenas aplicaciones:
www.semrush.com (seo/sem)
www.ahrefs.com (para links)
www.majesticseo.com (para links)
www.woorank.com (esta es para auditorias... aunque solo permite una a la semana creo)
Aunque yo solo recomiendo usar este tipo de herramientas para tener una idea general... nunca presentaría algo así a un cliente !
Saludos