Hola.
Quería comentaros que ya solucioné el problema, y agradeceros la ayuda.
Por si alguien vuelve a tener el mismo problema, o sólo por curiosidad os expongo mi solución.
1º. Descargar e instalar [URL="http://www.nirsoft.net/utils/nircmd.html"] NirCMD [/URL] en el servidor (hay varios [URL="http://foro.elhacker.net/scripting/comandos_nircmd_utiles_para_batch-t205511.0.html"] tutoriales [/URL] bastante completos)
2º. Activar la opción que permita a los servicios de apache ejecutar programas de escritorio.
(ir a administrar servicios, buscar el servicio de apache, boton derecho, propiedades, y en la pestaña de iniciar sesión activar esa casilla)
3º. Crear un archivo .bat en el servidor, que active la ventana sobre la que quiero actuar, espere medio segundo a que le dé tiempo, y después ejecute un script.
Cita: nircmd win activate ititle "NombreDeLaVentana"
nircmd wait 500
nircmd script "prog/abrir2.txt"
4º. El script es muy sencillo. (abrir2.txt)
Cita: sendkey ctrl down
sendkey 2 down
sendkey ctrl up
sendkey 2 up