eso ya entraría en el subforo de PHP y tal, pero vamos, que a si rapidamente se me ocurren varias cosas:
- La mas sensata y la mas válida para posicionamiento.
1 - Detectar dinámicamente si la pagina que se esta cargando es el INDEX o una pagina interna.
2 - Si es una pagina interna, la mejor solución que puedes hacer es cargarlo de forma que la estructura sea exactamente igual a la pagina INDEX, pero mostrando el contenido de pagina1.php y, con ello, hacerlo completamente navegable independientemente de en que pagina haya entrado el usuario desde google.
3 - Si detectas que a la pagina se le llama por medio de ajax, entonces solo devuelve el contenido en si, sin cabeceras, ni menus ni nada.
- Otra cosa que se podría hacer
1- Detectar dinamicamente si la peticion a la pagina es desde ajax o de forma directa y, en caso de que sea de forma directa, redireccionar al usuario al index.
2- En esa redireccion, incluir algun parametro GET para que tu en el index programes que si el parametro X tiene el valor Y, que llame a la funcion de ajax para cargar ese contenido
Código PHP:
header("location: /?seccion=pagina1") ;
----------------------
La segunda opcion es viable para el usuario, pero no para posicionamiento ni para google, por que google detectaria que tanto pagina1, como pagina2, como pagina3, van al mismo sitio y, ademas, que el contenido es el mismo ( por que google no ejecuta ajax )