Yo no lo haría así, pero una solución rápida al problema de los links, si tienes demasiados: con jQuery (más sencillo), o con javascript base, encontrar todos los links de la página, borrarles el href, y añadirles un onclick a una función javascript, que reciba como parámetro la url original donde apuntaba el link.
Con Ajax, cargas el link (posiblemente con un parámetro extra, para indicar al php que no incluya cabeceras, menus, etc). Y la respuesta, la estableces como contenido del <div> con el que hayas sustituido el iframe.