En este caso en particular, poniéndola dentro del for, pero fuera del if del for, no habría diferencias, incluso poniéndola dentro del for, y dentro del if, a continuación del count++, funcionaría también, aunque con una diferencia.
Pensá que este caso, a cada click de los checkboxes se recorren todos los elementos nuevamente y se ejecuta el incremento que es lo que en definitiva te pone el número en el div.
Bueno, pero creo que ya es cuestion de que experimentes y compares resultados. Te recomiendo que leas un poco del uso del console.log
http://blog.unijimpe.net/depurar-jav...o-console-log/
Saludos