La forma como comunmente hago es usando implode y arrays, algo así
Código PHP:
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if( /* algo que queires que se cumpla */ ){
$where[] = ' columna1 = "valor1" ';
}
if( /*segunda condicion que quieres que se ejecute si se cumple*/ ){
$where[] = ' columna2 = "valor2" ';
}
$where = ( !empty($where) ) ?
( ' WHERE ' . implode(' AND ', $where) ) : '';
$qry = 'SELECT * FROM tabla' . $where;
Lo hice a vuelo, puede que tenga algún error, pero ahí tienes la idea.