El problema es con la opacidad o con el centrado?
Bueno, de todas maneras a falta de más datos hice esto    
Código HTML:
Ver original- <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN"  
- "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd"> 
- <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"> 
- <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8" /> 
- /*<![CDATA[*/ 
- .main{ 
-     margin-left:auto; 
-     margin-right:auto; 
-     margin-top:auto; 
-     width:1000px; 
-     background: lime; 
- } 
-   
- /*]]>*/ 
-   
- <script type="text/javascript"> 
- //<![CDATA[ 
- function launchError(c){ 
-   if(c==1){ 
-     document.getElementById('G_I_Error').innerHTML='Texto'; 
-     setOpacity(document.getElementById('main'), 50); 
-     document.re.d.setAttribute('onclick', 'voidFunction()'); 
-   } 
- } 
-   
- function setOpacity(e,o){ 
- e.style.opacity=o/100; 
- e.style.MozOpacy=o/100; 
- e.style.filter='alpha(opacity='+o+')'; 
- } 
-   
-   
- //]]> 
- <body onload="launchError(1);"> 
- <div class="main" id="main"> 
-         <!--AQUÍ CONTENIDO...--> 
-      
-         <span class="footerC">Copyright 2012</span> 
-     </div> 
-     <div id="G_I_Calendar"></div> 
- </div> 
- </body> 
- </html> 
El div main (al que le di un background: lime para diferenciarlo, aparece centrado horizontalmente (margin-left:auto; margin-right:auto;) tanto en IE9 como IE/8/7 (tecla F12).
Lo que no aparece centrado es el contenido del div .main, habría que agregarle text-align: center; ni tampoco la palabra texto generada por la script, que por supuesto está fuera de .main.
En definitiva, no veo el problema
Saludos