consulta en bases de datos varias tablas php y mysql

[gnzsoloyo]

Bueno, por empezar, tienes un error sintáctico: O es INNER JOIN o es LEFT JOIN, pero no ambos a la vez.
Con INNER JOIN sería:

Código MySQL:

SELECT acue.cedula, comfe.cedula, coome.ide_afili
FROM 
    acueducto 
    INNER JOIN comfe ON acue.cedula=coome.ide_afili 
    INNER JOIN coome ON comfe.cedula=coome.ide_afili 
WHERE cedula LIKE %'buscar%'
 

El LEFT JOIN se usa en aquellos casos donde se desea que devuelva todo lo de la tabla a la izquierda tenga o no relación con la tabla a la derecha de cada JOIN. En tu caso, devovlería todo los registros de "acueducto", con NULL en las otras tablas donde no hubiese relaciones.
El problema de LEFT JOIN sobre multiples tablas es que puede generar productos catesianos, dando como resultado mucha información incorrecta.
Exactamente... ¿qué datos buscas obtener?