valdiar 2 input on submit

[maycolalvarez]

simple, no retornes de una vez, usa una variable para el retorno y pasa la instancia del form, no de un solo elemento:

<form id="registracion" enctype="multipart/form-data" name="registracion" method="post" action="borrar.php" onsubmit="return compruebaCv(this);">

Código Javascript:

function compruebaCv(formulario) {
    var retorno = true;
    if (! formulario.elements['archivo'].value) { 
        alert("Debes subir tu archivo 1")
        retorno = false;
    }
    if (! formulario.elements['archivo2'].value) { 
        alert("Debes subir tu archivo 2")
        retorno = false;
    }
    return retorno; //si todo ha sido correcto, retornará true
}