Suponiendo que el .htaccess lo tengas colocado en la raiz, no veo ninguna regla que deba de afectar a "/frases/frase-1.html". Sólo veo una que afecta a "frase-1.html" y que de hecho
funciona.
Tendrías que añadir a la última regla "frases":
^frases/frase-([0-9]*).html$
Y no es un tema de PHP.
