si lo usas para un usuario solamente debes descomprimir el archivo por ejemplo archivo1.zip en el directorio del usuario
/home/usuario/.mplayer/Skin/archivo1
el directorio para compartirlo con todos los usuarios, es
/usr/local/share/mplayer/Skin/archivo1
por cierto, cuando lo compilaste le diste --enable-gui con el ./configure ? por que si no entonces no te sale el binario gmplayer que es el mismo mplayer pero con interfaz grafica que utiliza las skins
saludos
