No entiendo, si los estás comprimiendo correctamente debería descargarse automáticamente, yo utilizo esta clase
Demo:
http://foros.emprear.com/php/zipclass/
En el zip está el código de la demo, mirá el uso de los encabezados ppara el forzado de la descarga
Código PHP:
Ver originalheader("Content-type: application/octet-stream"); header("Content-disposition: attachment; filename=$archivo.zip");
en generar_zip.php
Saludos