Tardé un rato en encontrar el supuesto fallo, porque realmente el fallo no está ahí.
Con el encabezado y con la navegación, haces un ancho de 960 pixeles más 2 pixeles de borde lateral, pero con aside y section, haces un ancho de 958px más 2 pixeles de borde lateral.
Si quieres hacer un ancho de 960,
el error está en el encabezado y en el menú de navegación.