Buenas!
Personalmente me ha pasado lo mismo, en ambiente local tuve que especificar el index.php.
Lo que puedes intentar es detallarlo en:
Código PHP:
// application/config/config.php (Línea 29)
$config['index_page'] = 'index.php';
Y lo agregará en los enlaces, luego cuando subas el proyecto online, simplemente lo quitas de ahi y debería ir bien con el htaccess.
Saludos!