Muchas veces es bueno leer la documentación, puedes encontrar cosas como esto:
Cita: Easy Install
Not sure? Get more info.
pear install MDB2
Pyrus Install
Try PEAR2's installer, Pyrus.
php pyrus.phar install pear/MDB2
Otra cosa que vi en la documentación es que PEAR solo instala versiones estables y la versión actual de MDB2 está en beta, por lo que tal vez debas especificar la anterior: 2.4.1
Por cierto, tampoco tengo problemas cargando pear.php.net