Comentarios y código legible normalmente están en la versión que es para desarrollo, para que sea más simple hacer cambios. Únicamente en la versión de producción es donde se hacen este tipo de optimizaciones.
Para hacerlo normalmente se usan herramientas como esta:
http://dean.edwards.name/packer/
Que son conocidas como packers
Para usarlas tu código javascript debe estar correctamente escrito, principalmente en lo referido a puntos y comas. Quizáte interese analizarlo con herramientas como esta antes de empacarlo:
http://www.jslint.com/