Extraño caso, un dominio apunta a mi ip y aparece en google.

[PhilComfortHost]

En primero, yo comprobaría que el VPS no ha sido hackeada y el sitio no está alojado en el VPS.

Si no existe el DNS para el otro sitio, no problema.

Quizas el otro sitio estaba alojado en tu IP antes, en tiempo Google sabrá y quitar el sitio si no existe.

Yo diría inscribirte a Herramientas de Webmasters de Google, donde puede dar un mapa de sitio así todas las paginas y sus contenidos están indexado corectamente.