Como hacer para que al insertar los registros primary key que se encuentran duplicado

[gnzsoloyo]

me alegro que se haya entendido.
Te comento una experiencia: Yo hace unos cuatro años trabajé en un proyecto donde se recibían cinco tablas, de las cuales una era una "bitácora" de eventos en el transcurso del tiempo. De esa bitácora debíamos tomar los datos para la gestión de reportes de una flota completa de vehículos, tomando en cuenta que era una bitácora distinta por cada vehículo, cada quince días.
Obviamente, no podíamos tomar los datos puros, porque presentaban el mismo tipo de problemas tuyo.
Lo que hicimos lo logramos en dos etapas:
- Primero, creamos tablas temporales para cargar los archivos CSV que recibíamos. Sobre esas tablas ejecutamos un SP (que nos llevó dos meses diseñar), que realizaba etapa por etapa, las extracciones de datos y la normalización necesaria.
Al final del SP, los datos de esas cinco tablas en CSV quedaban repartidos en... 38 tablas diferentes.
Esto lo hicimos únicamente para poder iniciar el diseño del proceso que íbamos a verificar.

- Luego, partimos el SP en diferentes SP, y algunas parte de la lógica usada la transferimos a la aplicación (en .NET), dejando en SP solamente aquellas partes que eran exclusivo dominio de la base.
Al final logramos que la aplicación tomase los cinco archivos de cada paquete, los cargase en un DataSet en 17 tablas básicas, realizando previamente algunas validaciones de datos ne la base, y luego la misma aplicación cargaba tabla por tabla todo en una sola transaction.
No fue fácil. Llevó muchas horas de desarrollo, e incluso a mitad de camino tuvimos que realizar re-ingenierías en el diseño de datos, pero al final el sistema terminaba cargando millones de registros de más de 200 bitácoras en poco tiempo.

No te desesperes. Hazte un plan de desarrollo y ve parte a parte.
La tarea puede ser larga, pero se puede lograr.