Cita:
Iniciado por Linton 
Sólo hay dos maneras posibles, cPanel y FTP, ¿no? ¿Se suelen poner contraseñas diferentes para los dos canales?
Hay otras formas de subir este tipo de material a tu sitio, como por ejemplo scripts malintencionados subidos a traves de modulos, plugins o componentes de tu aplicacion, en caso que utilices joomla, wordpress, etc.
Debes tener siempre mucho cuidado con lo que instalas en tu aplicacion.
Saludos.