Hola que tal, bueno mira ami me paso algo similar pero era al ejecutar un programa y generar una carpeta y obtener el historial de un modulo.
Lo que en mi caso paso, fue que le ganaba la ejecucuion del programa al que generar la carpeta.
Lo que yo puse un sleep de 2000, con esto se generaba la carpeta y el programa corria ya sin problemas.
Prueba eso, antes de mandar llamar al PHP pon un sleep, para que el programa termine de obtener toda la informacion a mandar.
