En HTML5, cada elemento puede contener encabezados. El hgroup no es para poner los encabezados que quieras. Es una interpretación un poco libertina.
Yo no soy muy amigo de sustituir un H1 por un logo. Y si preguntas por un código semántico, tampoco deberías de pensar en ello. Un logo es un elemento visual, una imagen que forma parte del documento. Ponerlo como fondo de un H1 no es semántico.
Como he dicho, si por ejemplo en esas tres secciones de abajo necesitas poner un encabezado, puedes poner uno en cada uno. Es totalmente válido, semántico y aceptable.
Si se te da bien el inglés, una página que a mi me gusta mucho en relación a artículos de semántica es
http://html5doctor.com.