No debería haber problemas de corrupción de archivos, los controladores de NTFS en linux hace tiempo ya están maduros como para que las copias sean seguras. Si ambos discos (origen y destino) son NTFS, debería ir todo como si la copia la hicieses desde Windows. Por supuesto aplican las mismas precauciones de siempre: si hay un corte de energía o un cuelgue durante la copia, quizás tengas que copiar de nuevo.
Problemas varios a tener en cuenta (que creo que no se aplican en tu caso):
- Copia de archivos entre diferentes sistemas de archivos (NTFS y EXT4, por ejemplo):
- Incompatibilidad de permisos y atributos. Un ejemplo común: los archivos copiados de NTFS o FAT siempre tienen permiso de ejecución.
- Largo de rutas
- El controlador de NTFS de Linux puede escribir sin problemas archivos cuya ruta sea demasiado larga para Windows, por lo que puede darse el caso de que copies un archivo en Linux hacia una partición NTFS, y que Windows luego no lo pueda leer. No creo que te suceda esto porque estarías moviendo archivos entre particiones de Windows.
Saludos.