PHPDeprecated: Comments starting with '#'are deprecated in /etc/php5/apache2/conf.d/ming.ini on line 1 in Unknown online 0 
Error despreciable y solo es sustituir "#" del archivo 
ming.ini por un ";"  
PHPWarning: PHP Startup: Unable to loaddynamic library '/usr/lib/php5/20090626/sqlite.so' -/usr/lib/php5/20090626/sqlite.so: cannot open shared object file: No such fileor directory in Unknown on line 0 
Esto lo que me dice es que si hay error y no es despreciable, no se pueden cargar las libreia:  
'/usr/lib/php5/20090626/sqlite.so'  
Esto esta relacionada con extension sqlitle de php no carga y vuelve a intentarlo una y otra vez. Cuando lo instale funcionaba bien la extension ??  
SOLUCION:  1) Y la mas cencilla es: 
editar /etc/php5/conf.d/sqlite.ini comentar todo, esta asi  
 Código PHP:
    ; configuration for php SQLite module
 extension=sqlite.so 
    
  y dejarlo asi  
 Código PHP:
    ; configuration for php SQLite module
; extension=sqlite.so 
    
  2) Aparentemente el uso de SQLite versión 2 ha sido desestimado en pos del uso exclusivo de la versión 3, sin embargo extrañamente la configuración por defecto de PHP sigue intentando cargar su librería. 
El error que me da podria ser de una actualizacion de php que se hizo, es lo mas probable. 
Remover la configuración de SQLite2 de PHP y utilizar la versión 3 únicamente. 
# mv /etc/php5/conf.d/sqlite.ini /etc/php5/conf.d/sqlite.ini.old
# php -v
PHP 5.3.6-13ubuntu3.3 with Suhosin-Patch (cli) (built: Dec 13 2011 18:37:10) 
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Zend Engine v2.3.0, Copyright (c) 1998-2011 Zend Technologies
    with Suhosin v0.9.32.1, Copyright (c) 2007-2010, by SektionEins GmbH 
Lo probare, pero claro me quedare sin sqlitle, alguna sugerencia mas ??? 
Un saludo: Manyblue