Hola, tenés varias posibilidades. Podés hacerlo con canvas:
http://www.disegnocentell.com.ar/notas2.php?id=254
o directamente con la propiedad rgba de css3:
http://www.impressivewebs.com/image-tint-blend-css/
En el servidor podés usar librerías gráficas. En php, por ejemplo, son útiles las librerías gd e image magic:
http://www.disegnocentell.com.ar/notas2.php?id=223 http://www.disegnocentell.com.ar/alien/desafio.php
En svg también hay filtros que quizá sean útiles pero nunca los he usado
