es facil solo debes poner el cick dentro del call back del load de la siguiente forma:
<script language="javascript">
$('#menu').click(function(){
$('#contenido').load('hoja1.html',function(){
/*Esto de abajo es lo que no funciona*/
$('#uno').click(function(){
alert('Estoy funcionando');
});
});
});
</script>
</head>
<body>
<div id="contenido"></div>
</body>
prueba asi aver si te funciona que lo mas lo logico es que si :D