Tienes que pasarle los datos por el stdin. Y con eso al menos usar la librería subprocess.
Código Python:
Ver originalfrom subprocess import Popen, PIPE
modelo = 'hd41117_24'
p = Popen(['./ptotout_A10HHe.eo'], stdout=PIPE, stderr=PIPE, stdin=PIPE, shell=True)
p.stdin.write(modelo)