Necesito localizar el origen de un ataque

[microeb]

Bueno, revisa si tienes tus software actualizados , es decir, ultimas versiones de php, apache , plesk, etc etc

Ahora, para bloquear el base64 , puedes desactivar esa funcion.

edita tu php.ini y en el campo "disable_function" , agrega base64_decode , entre otras funciones para asegurar tu php.